12月21日,日军登陆部队为攻占马尼拉而在仁牙因湾登陆。当时,美潜艇因备品不足,没有一艘能够参加保卫仁牙因湾的战斗。日登陆部队在严密的警戒下,于仁牙因湾内巧妙地利用浅滩水域和暗礁等天然条件,阻止美潜艇对它进行袭扰。只有s-38号潜艇大胆地突破其警戒线,击沉1艘即将进入锚地的运输船。&ldo;海豹&rdo;号潜艇对一艘开往登陆地域的小型货船进行了鱼雷攻击。
由于日军对马尼拉附近基地的威胁日益增大,盟国海军部队主动撤离。约翰&iddot;威尔克斯海军上校指挥的亚洲舰队潜艇部队,首先撤至达尔文港,后来又转移到弗里曼特尔在澳大利亚西南海岸。。只把&ldo;卡诺珀斯&rdo;号潜艇供应舰留在马尼拉湾,以保障潜艇继续作战。
这支潜艇部队除继续进行巡逻外,还须担任撤退任务和补给任务。这就是说,潜艇必须协助有关单位把平民百姓和重要军事人员转移到其他地方,从被围困的巴丹半岛和哥黎希律岛撤出某些财物,以及为逐渐减少的守备部队运送粮食、医药和弹药等补给品。
最先执行这项任务的是&ldo;海狼&rdo;号潜艇,它先送37吨弹药,后送25名陆海军飞行员、&ldo;卡诺珀斯&rdo;号潜艇供应舰上的一部分重要潜艇备品和16条鱼雷。&ldo;鳟鱼&rdo;号潜艇卸下运来的25吨补给品,而装上2吨金块、18吨银块和5吨邮件及有价证卷等物返航。该艇在返航途中还对敌货船和猎潜艇实施了鱼雷攻击。
在爪哇海作战期间,潜艇虽未取得什么战果,但美军已着手建立潜艇巡逻区,并开始改进潜艇战术。初期,潜艇通常在潜望深度实施昼间攻击。为了不被对方发现,只伸出潜望镜作短暂的观测。采用这种攻击方法时,只使用噪音测向器材而不使用回音水声器材,以免暴露自己的位置。最初的潜望镜不能准确地测出目标距离,而声纳只能提供目标的方位。因此,潜艇艇长实施鱼雷攻击时往往忽视距离这个因素。不久,潜望镜上安装了测距装置。潜艇艇长还知道,偶然用一下声纳测定距离,还不至于暴露自己的位置。能够准确测定目标的距离后,美国潜艇就可以实施较有把握的鱼雷攻击了。这时,德国潜艇已经开始采用夜间水上攻击的战术,但是,美国海军仍把潜望镜深度的昼间攻击作为潜艇的基本战术。为使空中侦察难以发现,美国潜艇的艇壳上涂黑色迷彩,这对夜间在水面活动的潜艇起不到多少伪装作用。加之没有夜间使用的性能良好的潜望镜,天黑后,潜艇就难以在潜望深度实施攻击。后来的经验证明,艇体的两舷涂上灰色的亮漆,对夜间行动具有很好的伪装效果。有了性能良好并适于夜间使用的潜望镜,潜艇就容易在潜望深度实施夜间攻击了。可是,美国潜艇直到有了较准确的鱼雷射击自动计算器(tdc),装备了性能良好的雷达,鱼雷的质量已有很大改进之后,才成为一种机动灵活的兵器,才不分昼夜地并且是很有信心地对日本舰船进行袭击。
日本向南侵略的范围越大,它的船只遭到美潜艇袭击的机会就越多。尽管如此,从袭击珍珠港到珊瑚海海战之前,日军舰船受到的损失并不算大。在这期间,盟军潜艇击沉的日本舰船仅有水面舰只3艘没有大于驱逐舰的舰只。、潜艇2艘和商船35艘。但是在此之后,美国潜艇掌握了日本海上航运的规律,从而取得了很大战果。
日军把潜艇用于支援舰队作战,这在中途岛海战中表现得最为典型。在这次海战中,日军派遣潜艇单独活动,或在规定水域列成艇幕,以侦察美国舰队的行动,并对其进行截击。当时,日军在珍珠港和中途岛之间配置了两个潜艇侦察艇幕,但日潜艇占领阵位的时间过迟,因而未能发现和截击美国的航空母舰编队。在这次海战中,唯有伊-168号潜艇取得了显著的战果,击沉了&ldo;约克城&rdo;号航空母舰和&ldo;哈曼&rdo;号驱逐舰。
部署在中途岛以西近海水域的美国潜艇部队,也未取得什么战果。在双方航空母舰交战时,美&ldo;鹦鹉螺&rdo;号潜艇向&ldo;加贺&rdo;号航空母舰发射了一条鱼雷,但未爆炸,它还误认为击沉了&ldo;苍龙&rdo;号航空母舰。当天夜间,重巡洋舰&ldo;最上&rdo;号和&ldo;三隈&rdo;号为了规避&ldo;坦波尔&rdo;号潜艇而进行机动时相互碰撞。&ldo;三隈&rdo;号受伤后,航速减低,成为美航空母舰舰载机的突击目标。
从6月的中途岛海战至8月7日开始的瓜达尔卡纳尔岛争夺战,美潜艇的主要战斗活动是袭击日本的运输船队,在此期间共击沉商船约60000吨。而日军这时则将其潜艇主要集中用于印度洋,甚至驶至马达加斯加和非洲之间的莫桑比克海峡一带去袭击商船。此外,日军还派遣一部分潜艇在澳大利亚、新几内亚和萨摩亚一带海域作战,共击沉盟国舰船约30艘。
1942年8月初,美国最大的2艘潜艇&ldo;鹦鹉螺&rdo;号和&ldo;舡鱼&rdo;号(水上排水量2700吨,长113米以上)奉命去完成一项特殊的任务。这2艘潜艇在珍珠港搭载五个海军陆战连(由埃文斯&iddot;卡尔森中校指挥),前去袭击吉尔伯特群岛的马金岛。当时,美军正在瓜达尔卡纳尔岛进行登陆作战,袭击马金岛是它的一种佯攻行动,企图把日军兵力从所罗门地区吸引过来。8月16日拂晓,美海军陆战队未遭到任何抵抗就登上了马金岛。上陆不久,日军的守岛部队立即徒步、骑自行车或乘坐卡车赶来进行阻击。根据上陆部队的召唤,&ldo;鹦鹉螺&rdo;号开始朝着交战的方向射击,但因没有弹着观测飞机,只能盲目射击。后来便转移火力,向礁湖一带水面射击,击沉3500吨的商船1艘和巡逻艇1艘。