傍晚时分,战斗暂时停止,双方各损失了2万多人,胜负不分。
17日,双方都在休养兵力。拿破仑在缪拉的陪同下巡视了昨日的战场,看着战场上堆积如山的尸体,不禁陷入了沉思。这时有人来报:贝尔纳多特军和本尼格森的11万援军已朝莱比锡开来。拿破仑见联军已对法军形成了合围之势,恐寡不敌众,决定撤退。可他又怕撤退会引起混乱,导致士气低落,于是,改行缓兵之计。他命人将昨日俘获的奥国将军梅韦尔德带来,同他谈了一些与奥国旗和的问题。梅韦尔德说他知道奥国现在还是希望媾和的,如果拿破仑为了全世界和法国的幸福而同意媾和的话,和约马上就可以签订。
拿破仑释放了梅韦尔德等被俘军官,让他们带去了休战条件:法军退往萨勒河后方,俄普军退往易北河后方,奥军退于波希米亚,萨克森中立。联军对拿破仑的休战建议不予理睬,因为莫罗将军在丧命之前曾告诫联军:遭到失败之后坚持不懈,不与拿破仑讲和。更何况现在已是胜利在望的时候。
这时,拿破仑又得到一个坏消息:巴伐利亚脱离了与法国的同盟,倒向了联军,并率军至莱茵河畔,准备攻击法军在美因兹和法兰克福的交通线。拿破仑经过长久的动摇之后,决定撤退到萨勒河一线。但是,他还没来得及把自己的意图付诸实施,10月18日拂晓,激战又起。这时联军已增加到295万人,比法军几乎多一倍。
联军从东西南北分6路合围莱比锡。面对联军优势兵力的攻击,法军被迫撤离一些难以坚守的阵地。下午3时左右,正当法军收缩兵力、联军步步进逼的关键时刻,在防守莱比锡东北蓬恩斯多夫的第七军中,竟有两个萨克森旅和一个炮兵连共约3000人,带着19门火炮投降了联军。拿破仑听到这一消息后,马上带领部分近卫军疾驰赶来增援,稳住了防御阵地。然而,法军终归寡不敌众,逐渐被联军挤压到莱比锡城里及其近郊,内伊和另一名军长也负了伤。
傍晚时分,拿破仑坐在郊外的营帐中,向贝尔蒂埃口述着作战命令。就在这时,两名炮兵指挥官前来报告:炮弹快打完了。拿破仑脸色苍白,意识到大势已去,指示贝尔蒂埃向部队下达撤退命令。贝尔蒂埃立即照办了。也许是过分疲劳,拿破仑下达完命令后,竟躺在板凳上睡着了。将领们站在他的周围,默默地望着他,周围一漆黑暗。最后战斗的呼喊声、伤员的呻吟声和军队撤退的车轮声混杂在一起,不断地传入拿破仑的营帐。一刻钟以后,他突然醒来,立即赶往莱比锡城内。
10月19日,法军从各个方向撤下来,都汇合到莱比锡城内,向西面唯一的出口林德瑙大桥退去。每条街都挤满了密密麻麻的撤退部队。这时,普军和瑞典军正突入北郊,奥军也从南面逼近城里。弹药车、马队、炮兵、牛羊、伤兵和随军小贩等等,都拥挤在一起,争相逃命。敌军每一发炮弹落下来,都可以听到许多受伤人的呼号声。拿破仑在经受一连串的打击后,仍然保持着一贯的冷静,他在少数侍从的陪伴下,若无其事地和混乱的人流一起渡过了林德瑙桥,仿佛周围的毁灭景象与他毫无关系。过桥后,他在林德瑙附近的一个磨房里平静地入睡了。他要等待法军全部过河,然后再继续随军西撤。
19日上午9时,沙皇要求坚守莱比锡的法军后卫部队投降,以保全该城,但遭到守城法军的断然拒绝。
就在拿破仑熟睡之际,突然从远处传来了巨大的爆炸声,拿破仑惊醒了。过了一会,缪拉跑进来报告,林德瑙桥被炸毁,麦克唐纳所率的后卫部队2万多人被阻隔在河对岸。拿破仑听完,双手紧紧抓住脑袋,大声吼道:&ldo;这也算执行我的命令?&ot;原来,拿破仑曾命令守桥者,只要敌方追兵已到,就立即炸毁桥梁。当布吕歇尔的少数骑兵沿河向林德瑙方向迂回时,枪声使守桥工兵着了慌,他们误以为敌人的大队追兵已到,赶紧引爆了预先放置好的炸药,炸毁了法军撤退的唯一一座石桥,结果,后卫2万多官兵无法过河。这时,后面的敌军已紧紧追来,法军无路可逃,只得跳入波涛滚滚的大河之中。麦克唐纳侥幸游到了河岸,其余的均葬身鱼腹。波尼亚托夫斯基军长,这位前两天才被提升为元帅的波兰亲王,也被浪涛吞没了。没来得及跳河的官兵,包括劳里斯顿、雷尼埃两位军长在内,还有260门大炮、870辆弹药车全都被联军俘获。
拿破仑率残军继续退却,联军未作积极追击。10月20日,在魏森费尔斯渡过萨勒河。23日,进入爱尔福特。在这里,拿破仑接受了缪拉的辞行。缪拉回那不勒斯去了。这时法军还剩下12万余人。30日,法军快接近法兰克福时,4万名巴伐利亚军挡住了拿破仑的退路。败退中的法军仍不示弱,集中了50门大炮朝敌人猛攻,巴伐利亚军大败而逃。
法军通过法兰克福西撤。11月2日,到美因兹。停留7日后,撤往巴黎。在这之前,圣西尔军在德累斯顿已成孤军,被迫投降。法军在维斯瓦河、奥得河、易北河一带的要塞全部丢失。
法兰西战役莱比锡战役后,拿破仑第一次意识到他的大帝国已处在岌岌可危的境地。他的哥哥、西班牙国王约瑟夫已被英国人和西班牙起义者赶出了伊比利亚半岛;他的弟弟、威斯特法利亚国王热罗姆也从卡塞尔出走;达武在汉堡被俄军和普鲁士军围困;法军在荷兰的权力也在开始动摇。更让拿破仑痛心的是他的亲妹夫、那不勒斯国王缪拉也开始背叛了他。当欧仁将这一消息告诉他时,他拒不相信,他向左右的人嚷道:&ldo;不,这不可能。缪拉,我把妹妹嫁给了他,我把王位赐给了他,他不可能宣布反对我。必定是欧仁报错了。&ot;然而,事实最终证明缪拉投靠了联军。其实,缪拉早就跟盟国阵营有秘密联系。缪拉是个虚荣心极强的人,当他看到拿破仑时败运衰时,为了确保自己在那不勒斯的王位,千方百计地与盟国接触。7月22日,英国政府决定:只要缪拉同拿破仑分手,盟国就确保那不勒斯王国。10月7日,缪拉秘密接见了那不勒斯官员斯基里纳,后者将英国的决定告诉了他。缪拉满心欢喜,立即通过另一名间谍佩斯沙拉先生把自己的最后决定传给同盟国。这样,缪拉一面出色地履行着拿破仑身边的军人的职责,一面在背叛他,直到10月24日在爱尔福特离开了拿破仑。