民国成立后,吴佩孚依然在曹锟部任职。1916年1月,西南护国军兴,吴佩孚随曹锟入川作战,升任旅长。1917年7月,张勋复辟帝制时,随曹锟参加&ldo;讨逆军&rdo;,任西路军前敌总指挥。1918年南北战争时,任第三师师长,随曹锟入湖南作战,攻岳州,陷长沙,4月占领衡阳。5月底,第一路军司令曹锟以养病为辞回天津与段祺瑞讨价还价,第二路军司令张怀芝也回到山东,入湘的北洋军由吴佩孚直接统率。6月,吴佩孚在衡阳与滇桂军阀信使往还,暗定停战协议,通电主和。8、9月间,吴佩孚接连通电攻击段祺瑞内阁及其武力统一政策,称武力统一政策实为&ldo;亡国的政策&rdo;,直系将领纷纷响应。1919年五四运动后,全国人民爱国热情空前高涨,段祺瑞政府陷于孤立,成了众矢之的。吴佩孚从反皖的目的出发,极力使自己以一个&ldo;爱国将军&rdo;的姿态出现,大谈军人的天职是&ldo;救国救民&rdo;,甚至还高谈&ldo;劳工神圣&rdo;,允许共产党人在其统治范围内的京汉、陇海等铁路沿线组织工会,因而,使他获得良好的名声。
1919年11月下旬,吴佩孚又与西南军阀签订了密约,即救国同盟军草约。草约总纲为平息内争、力谋统一、合力对外。其宗旨是:军人以卫国保民为天职,无论何时,国内争战,不得牵功武力,惟须弭患无形,以尽保民之责务。并须保全现在之主权,兼收回已失之主权等等。此草约充满了&ldo;爱国精神&rdo;,实质是直军与南军结成反皖同盟的标志,也为吴佩孚北上讨段消除后顾之忧。
1919年12月冯国璋死后,曹锟和吴佩孚成为北洋直系的首领。第一次世界大战的结束,促使了掌握北京政权的皖系军阀与直系、奉系的矛盾加剧,直皖战争已不可避免。1920年5月,吴佩孚自衡阳撤防北返,至直隶保定。7月,直皖战争爆发,吴佩孚出任&ldo;讨贼军&rdo;前敌总司令,在奉系的援助下率部打败了皖系,迫使段祺瑞下台,直、奉两派共同控制了北京政权。
直皖战争之后,吴佩孚获得&ldo;常胜将军&rdo;的美名,声望急速上升,由师长升任直鲁豫三省巡阅副使。1921年8月,升任两湖巡阅使。由于吴佩孚与奉系张作霖的矛盾日益激化,到了1922年初,双方已决定兵戎相见。4月3日,直系各军阀借祝贺吴佩孚的生辰,聚集洛阳,商讨对奉系作战计划。10月10日后,奉军相继开进关内。直军以吴佩孚为总司令,以保定为大本营,分头抵御。4月29日,第一次直奉战争爆发,战争的结束,以直系大获全胜而告终(第一次直奉战争详见本章第二节)。
第一次直奉战争之后,奉系势力退出关外,直系不仅占领了黄河、长江流域的许多地盘,而且控制了北京政权,曹、吴赶走了大总统徐世昌,推出了黎元洪作傀儡总统。吴佩孚由于军功被授予将军府孚威上将军,他拥有的嫡系武力,尽是全国精锐之师,一共有五师及一混成旅,吴佩孚依旧兼第三师师长,驻防洛阳。吴佩孚虽身居洛阳,实际操纵&ldo;直系中央&rdo;政治,甚至连他的老上司曹锟,也得看他的眼色行事,每一次国务总理更迭,都由曹锟派专使到洛阳征求吴佩孚的意见。
几年前,吴佩孚为了对抗皖系军阀,争取民心,曾大谈&ldo;救国救民&rdo;、&ldo;劳工神圣&rdo;,允许共产党人在其统治范围内的京汉、陇海等铁路沿线组织工会。但时至今日,吴佩孚完全剥下了伪装,由他一手制造了震惊中外的&ldo;二七惨案&rdo;。
1923年2月1日,京汉铁路工人在中国共产党领导下,在郑州举行京汉铁路总工会成立大会,但遭到吴佩孚的武力阻挠。总工会决定举行总罢工表示反抗,并将总工会移至汉口江岸办公。2月4日总罢工开始,全线各站工人一致行动,使长达一千余公里的京汉铁路顿时陷于瘫痪。罢工得到社会各界进步人士的支持。2月7日,吴佩孚在帝国主义支持下,命令其部将湖北督军萧耀南等在郑州、江岸、长辛店等进行血腥镇压,工人被杀四十余人,造成&ldo;二七惨案&rdo;。经此惨案,吴佩孚的凶残的真面目暴露无遗。
几年前,吴佩孚也极力反对段祺瑞的武力统一的政策,称之为&ldo;亡国的政策&rdo;。但是,当他大权在握时,也积极推行直系的武力统一政策。吴佩孚计划把全国分为9个军区,编全国军队为40个师,军政大权归中央。1923年3月,吴佩孚在洛阳召开军事会议,公开提出&ldo;武力统一&rdo;的主张,联合直、鲁、豫、晋、陕、甘、苏、皖、赣、鄂10省,在英美支持下,一面准备打到关外与奉系张作霖作战,一面把势力伸面南方,勾结陈炯明,反对孙中山北伐。
1923年4月,吴佩孚在洛阳大办其五十大寿,各省军政要员前往贺寿的有七百多人。康有为也亲来致贺,并送了一副恭维得体、传诵一时的寿联:&ldo;牧野鹰扬,百岁勋名才一半;洛阳虎踞,八方风雨会中州。&rdo;这副寿联把吴佩孚当时春风得意、趾高气扬的境况描绘得十分逼真。
1923年10月,吴佩孚帮助他的老上司曹锟当上了&ldo;贿选总统&rdo;。本来,吴佩孚对曹锟的&ldo;总统梦&rdo;不以为然,以吴佩孚的威望和实力也完全可以取曹锟而代之。但是,秀才出身的吴佩孚,深受儒家&ldo;上下&rdo;、&ldo;尊卑&rdo;、&ldo;主从&rdo;等封建道德的束缚,终究还是服从了他的那个昏庸的上司。