训练教育部部长初期由园田大佐担任,后期由西俊英中佐接任。下设卫生兵教育队、特种人员训练队、少年队等。这个部专门培训从事细菌研究、细菌生产、细菌实验和使用细菌武器的专业人员。
资材部由大谷章一少将任部长。下设第1仓库、第2仓库、兵器库、菌苗血清库等。负责贮存与供应各种生产器材设备,同时还承担实验动物的运输和各类菌苗、疫苗的贮存保管。
&ldo;石井&rdo;动物饲养班设置了繁殖细菌传播媒介物的分部,该班班长是石井四郎的三哥石井三男。
诊疗部部长为永山太郎大佐担任。设门诊部、日本军人家属医院,负责对日本人疾病的预防和治疗。
牡丹江支队又称海林支队、643支队,第一任支队长是池井贞夫,第二任支队长是尾上正男少佐。设在海林镇东北6公里处的后腰屯(现在的福利屯),编有日本研究人员200名。当时这里以一条南北道为界,西半部是中国居民,东半部是643支队的营区。营区占地28万平方米,长方形的四周围有带刺铁丝网。
营舍占据地盘不大,大部分土地为农田。从海林车站延伸过来的铁路专用线,从该支队营区东部通过。
林口支队又称162支队,第一任支队长是山口吾一,最后一任是癨原秀夫少佐。设在林口镇和古城镇(现叫新城)之间。
林口是牡佳线和林密铁路的交通枢纽,是东北地区东部的边防要塞。该支队的人员共226名,其中有3名军医、1名司药官、1名军需官和5名将佐级军官以及60名军人。下设总务处(计划、经理、庶务),第1处(负责细菌传染的研究和动物培养),第2处(负责防疫给水研究),资材处(负责器材保管,备有甲式滤水器2台、汽车40辆、显微镜20台、大型高压菌槽2个,外有其他物品甚多)。
林口支队的主要任务是配制跳蚤和各类动物。通常在动物室东面的一个大房间内饲养着从日本运来的白鼠2000余只,由日本人亲自饲养;西面的五个房间装有本地的各种鼠类,由一名日本兵领着四名中国劳工进行饲养。在其余各房间内,饲养着兔子四五十只,荷兰猪七八十只,还有12条狗。每隔一个星期,癨原秀夫带领日本研究人员到动物舍给动物抽血,有时在地下室内{{{{{宰杀当地鼠取血。由于鼠类供不应求,这个支队还不止一次地组织队员到附近各地捕捉黄鼠。据曾在162支队服役的上野证实:&ldo;在林口支队,捕鼠工作比培养细菌还重要。我在第2处防疫室工作阶段,曾参加两三个月的捕鼠工作。外出捕鼠时,不准提部队的名称,穿着便服让人看不出是哪个部队的。从1944年末开始,仅用两三个礼拜的时间,就在千振、佳木斯一带活捉50000只老鼠。&rdo;该支队也很重视跳蚤培养工作。据癨原供称,为加速培养跳蚤,1945年6月,根据哈尔滨731部队的命令,派细矢少佐到本部领来一公斤母本跳蚤,由细矢少佐及四名军人负责进行培养。
162支队还负责细菌研究和细菌生产。据在该支队第1部细菌实验室担任见习实验员的久留岛佐词供称:&ldo;我在宫丰军曹和细尾军医少佐的领导下,把结核菌、伤寒菌、副伤寒菌放到营养液上去,准备实验仪器,调节孵育器的温度。&rdo;这显然是在试制细菌。
162支队败退前,把文件资料、贵重仪器投进锅炉里烧掉了。8月11日,他们又慌忙地把部队的房舍全部点火烧光。据癨原秀夫被俘后说:1945年8月9日苏联出兵后,支队受命配属于驻延吉的第3军。11日苏军进驻八面通。本部装载物资向牡丹江进发,因道路已坏,在桦林被苏军袭击,部队人员多数阵亡。
孙吴支队又称673支队,第一任支队长是佐佐木义孝少佐,1944年由西俊英少佐接任。该支队设在孙吴镇的西山,编有研究人员136名。孙吴地处边境要塞,位于大兴安岭东麓,北安与黑河之间,战略地位十分重要。1940年6月日本开始在距该镇西南115公里的西山上营建孙吴支队,同年冬完成。当时动用了从外地抓来的近千名劳工,为了不使其秘密泄露,日军在竣工后把这些劳工全都秘密杀害。
最初编有研究人员30多人,到1942年增至80多人,最后达到136人。整个支队有营舍300余间,其中15间用于培养鼠类和各种动物,共养鼠千余只,豚鼠200余只,兔子50余只,羊3只。此外,还配制跳蚤。这里每年兴办两期培训班,负责人为金泽少尉,培养细菌研究的各类专业人员,每期学员十五六名,从1944年到1945年8月中旬,仅1年半的时间就培训学员近50名。
从1945年3月起,日军在南太平洋一带遭到严重挫折的同时,加紧了对苏作战的准备,根据石井四郎的命令,孙吴支队也加紧了战备,增建了设备室,抓紧安装731部队本部调拨来的各种细菌生产设备,但这些设备尚未使用,日本就投降了。投降之前的1945年8月11日,日军将动物舍、营舍和宿舍以及各种文件、资料全部烧毁。现在孙吴支队的遗迹依然存在。
海拉尔支队又称543支队,首任支队长是清水富士夫,最后一任是加藤恒则少佐。设在海拉尔市西南115公里处,编有研究人员226名。海拉尔位于大兴安岭西麓、呼伦贝尔草原东部、伊敏河与海拉尔的汇合处。它是内蒙古东部的边陲重镇。1934年,伪满洲国设立兴安北省,以海拉尔为省会,当时居住在海拉尔的中国蒙汉居民仅25000人,而日伪军警人员却高达十多万,海拉尔实际上变成了进攻苏联的前哨。