伟大卫国战争刚一开始,北高加索军区就组建了独立的第56集团军,北高加索军区司令员列麦佐夫中将为司令员。第37集团军从北高加索军区得到了人员补充。在北高加索军区内又组建了里亚贝谢夫中将指挥的第57预备队集团军,哈里托诺夫少将指挥的第9集团军和南方方面军其他兵团和部队的人员也都得到了补充。
诺沃契尔卡斯克高级骑兵学校、罗斯托夫、克拉斯诺达尔、奥尔忠尼启则、马哈奇卡拉、格罗兹尼、迈科普和布依纳克斯克步兵学校、罗斯托夫炮兵学校、耶伊斯克航空学校、阿尔马维尔预备役指挥人员进修班等为部队培养了大批指挥员和政治工作人员。
在外高加索军区也有了‐些变化。1940年,统帅部从预备队中给外高加索军区调来了5个步兵帅、1个骑兵师、1个坦克师、2个独立轻型坦克旅、1个航空兵旅、3个航空兵师、几个炮兵、专业和技术部队。在这个时期内,还组建了步兵第3军和第23军的军部。
伟大卫国战争爆发后,在外高加索军区开始组建新的部队和兵团。从1941年8月至l2月组建了20多个步兵师。到7月底,外高加索军区共展开了4个集团军(第44、第45、第45和第47集团军)。
黑海沿岸南段的防御任务交由外高加索方面军的部队(1942年12月30日前司令员是科兹洛夫中将,军事委员沙马宁师级政委,参谋长托尔布欣少将)担任。由于土耳其政府公然推行亲德政策,方面军的主力仍然集结在苏土边界附近。此外,根据苏伊条约,方面军一部兵力l941年8月25日进驻伊朗。
因此,在战争第‐阶段,最高统帅部不能全部调用外高加索方面军的部队到北面来加强高加索的防御。此外,在战争的头几个月,又从外高加索方面军中抽出7个正规师、377个预备役连和756个坦克乘员组补充到前线上作战的各个集团军去了。
将骑兵第17师和第24师调给西方方面军。防守克里木的第5l集团军也从外高加索得到了几个兵团。步兵第388师转隶给濒海集团军。当1941年秋,在西南方向出现敌人可能从罗斯托夫和刻赤海峡突到高加索的威胁的时候,外高加索方面军开始向北高加索调动部队。第44集团军的兵团和部队及第47集团军的一部向北高加索进发。这时,3个步兵师、坦克第6旅、第54旅、数个炮兵团、2个航空兵师和许多其他兵种部队和分队调给南方方面军。
苏联政府当时极为重视加强黑海和里海的海军兵力。战前,苏联在黑海上拥有一支庞大的海军舰队,其力量远远超过黑海沿岸各国海军力量的总和,它不仅能同黑海沿岸各国海军进行有效的斗争,而且也能够同极可能在黑海出现的德国和意大利海军舰艇进行有效的斗争。当时,在高加索有诺沃罗西斯克海军基地和巴统海军基地。
战争开始一个月后,建立了波提海军基地。基地编有2个潜艇大队,1个鱼雷快艇大队(12艘),1个护卫艇大队(23艘),2艘基地扫雷舰,水警区兵力,4个海岸炮兵连,6个个高射炮兵连。有2艘驱逐舰以波提和巴统港为基地,到1941年10月后,由于丧失了西面的海军基地,黑海舰队分舰队的其他舰艇也以此两港为基地。波提海军基地部队在外高加索军区部队的配合下,防守从土耳其边境到阿德列尔的黑海沿岸地区。
诺沃罗西斯克海军基地在战争开始时,包括动员后新组建的部队,计有:1个护卫舰大队(4艘),1个扫雷舰大队(21艘),2个鱼雷快艇大队(21艘),3个扩卫胆大队(33艘),1个潜艇训练大队(7艘),水警区兵力,11个固定的和铁道的海岸炮兵连,8个南射炮兵连,1个海岸防御后备团,1个海军陆战队旅,1个步兵营和其他一些步兵部队。这个时候,黑海舰队分舰队和其他编队的大量舰艇(2艘巡洋舰,3艘驱逐舰和29艘扫雷舰)也到诺沃罗西斯克停泊。诺沃罗西斯克海军基地(包括刻赤岸防区)的部队在北高加索军区部队的配合下,防守从阿德列尔到刻赤海峡(含刻赤海峡)的高加索黑海沿岸地区。
为了加强亚速海沿岸的防御,海军人民委员于1941年7月23日命令在黑海舰队编成内组建亚速海区舰队。8月15日,从刻赤到达马里乌波尔(今日丹诺夫)的这支新区舰队的舰艇有:3艘炮舰,5艘护卫舰和7艘扫雷艇。三个星期后,又编进区舰队1个歼击航空兵大队(9架飞机),过一个月后,又组建独立顿河支队(4艘江河炮舰和8艘护卫舰)。
除黑海舰队这些编队而外,还可令驻在克里木的海军分舰队、海军基地和空军部队编成内的兵力和兵器参加高加索的保卫战。
当时我军新装备的巡洋舰、驱击领舰和驱逐舰具有良好的战术技术性能,特别是航速大、火力强、舰炮操纵灵活。潜艇也很现代化,火炮和鱼雷武器威力大、水面航速高,但是水下航速却很慢而且通信设备又不完善。黑海舰队的飞机几乎全是一些旧式飞机(只有l6架米格‐1型新式飞机)。亚速海区舰队的舰艇在动员之前都是一些航速低、机动性差和机械已经磨损严重的民用船只,稍加改装并装上火炮(45‐130毫米)和机枪。里海区舰队的舰艇虽然是专门建造的战斗舰艇,但武器装备却与亚速海区舰队完全一样。
水面舰艇和潜艇各部队和编队,都已做好随时执行海上战斗任务的准备。从射击训练的成绩看,它们可以击毁可见的海上目标、可见的和不可见的岸上目标能在白天和夜间击退成水平飞行的单架敌机的攻击。巡洋舰和驱逐舰能够实施单舰鱼雷攻击,鱼雷快艇能够实施单舰和编队鱼雷攻击。潜艇能够在一般情况下遂行单艇鱼雷攻击的战斗任务。海军基地的兵力和兵器已经做好抗击敌人来自海上空中突击的准备。