西部大队与中部大队的战斗一打响便失去了它们的指挥官,这使局势变得复杂了。指挥中部大队的聚斯曼中将在作战刚开始便因滑翔机在埃吉纳岛坠毁而毙命第11空军军的战报说,聚斯曼将军乘坐的滑翔机在空中被一架&ldo;亨克尔&rdo;式111型飞机追上时,&ldo;机翼掉了下来&rdo;‐‐一这显然是由于空气压力的缘故。。西部大队司令官迈因德尔少将在着陆前不久受重伤。
直到下午,作战室才了解到这些情况。这是因为当运输机安全返回基地(仅损失百分之一点四)和收到第八空军军的报告时给人的印象是&ldo;第一波已按计划着陆成功&rdo;。当时驻雅典的空降军司令部丝毫没有得到伞降部队的消息。临近中午,中部大队发来了一份电报,电文报告说,向干尼亚发动的进攻因损失惨重而受阻。西部大队也报告,激烈的战斗仍在进行,指挥官已负伤。由于最初抱有的乐观态度,所以第二波仍按计划出发,结果酿成了更大的失误和遭受到更大的挫折。
九时至十时,运输机返回希腊的基地。但事实证明在十三时之前,不可能让&ldo;容&rdo;-52作好飞第二架次的准备。每个&ldo;容&rdo;-52飞行联队起飞时间耽搁达三个半小时之久,其原因是:(1)加油困难;(2)必须首先把坠毁的飞机从跑道上清除掉;(3)起降过多飞机的机场尘埃密布,即使使用消防器材也无济于事。结果各运输机中队都未按战斗序列起飞,也没有同时到达目的地,只是在十五时至十八时之间才东一架西一架地到达。第十一空军军的战斗报告说明了如下情况:各个机场之间的电话通信常被切断,因此指挥官们不可能就拖延进攻时间问题进行磋商,也不可能重新安排共同发起进攻的时间。负责指挥第二特种任务轰炸机大队(伞兵运输机)的军官报告:在第一波着陆不久,他便意识到这种情况。但由于未能与他的直接上司(隶属于第十一空军军的地区作战指挥官)取得联系,于是他便直接向军司令部通话,要求推迟第二波发起进攻的时间。可是无法确定是否作出了决定,即便作出了,遗憾的是,也没有传达到实施第二波进攻的运输机大队。由于同样的原因,也未同第八空军军做出进一步安排。
轰炸机编队按原计划在十五时飞临雷西姆农与伊腊克林目标的上空,企图摧毁敌人的高炮阵地,或至少要压制住敌人的火力。紧接着,单引擎与双引擎战斗机飞来掩护伞降部队跳伞,压制对方的防御火力。由于这些飞机的航程短,在十六时十五分之后便不能再停留,因此大部分部队是在没有战斗机掩护的情况下实施伞降的。
中部大队现由施图尔姆上校指挥。其任务是占领雷西姆农飞机场,尔后向苏达湾推进。东部大队由布罗伊尔上校指挥,任务是占领伊腊克林城及其机场,并扼守该机场,保证后续部队空降着陆。
这两个大队都遭受了严重损失。原因是同第一波一样,它们都降落在防守坚固、伪装巧妙的敌防御阵地的中心。另外,由于运输机是毫无组织地到达的,这使敌人更易于完成其抵抗任务为了尽力补偿已经丧失的时间,运输机中有一部分是以三到四架飞机编成的小型编队飞向空投地区。施图登特将军在《世界综览》一书的第19页上写到:&ldo;第二波对伊腊克林和雷西姆农的攻击从开始在阿蒂卡机场时就失败了。&rdo;实际上,这说明有关的作战参谋机关之间的协作不够。。一些无经验的运输机机组人员犯了错误,把伞兵降落在错误的地点,造成了更大的混乱。由于许多伞兵都不能得到他们的补给囊,所以德军的物资损失也很大。
所有这些情况都使得中部大队未能占领雷西姆农机场。同时在敌人密集的火力下,向苏达湾推进的企图也没有实现。由于运输机在运送第一波进攻部队之际或其后不能及时赶来,当东部大队与敌人接触时,其兵力比原计划少了六百人。尤为糟糕的是,进攻的时间耽搁了,这给部队的进攻带来了更大的困难,以致最后东部大队未能夺取预定的目标是不足为怪的。在当时的情况下,布罗伊尔上校只能在夜暗的掩护下集结失散的人员并于翌日清晨向机场发动进攻。
五月二十日夜对作战情况的检查表明,在四个空投伞兵的地点,敌军的防御比预想的要强得多。三个机场无一被攻占,克里特岛的局势十分危急。马利姆的情况似乎好一些。傍晚,甚至有人错报:该机场尽管仍处于敌炮兵火力之下,但已被攻占。现在为了按计划使第五山地师进行空降着陆,十分有必要至少占领三个机场中的一个。在目前的情况下,那只有夺取距德军在希腊的空军基地最近的马利姆机场。虽然它比伊腊克林机场小得多,但看来可为进攻部队的胜利提供最美好的前景。英国皇家空军的历史学家曾写道:&ldo;简而言之,克里特岛之战的胜负取决于马利姆。&rdo;但是马利姆机场又是怎样陷落的呢?
马利姆机场南面的一○七高地是英军防御的要点。不过,开始德军并未从空中照片上看出它的重要性。因此只派了一个由科赫少校率领的加强连,搭乘滑翔机向一○七高地发起突击。结果伤亡惨重,突击被击退。西部大队指挥官迈因德尔少将着陆后很快认识到敌人防御阵地力量雄厚。该阵地从机场的西部边缘沿塔夫罗尼蒂斯河床通过一○七高地的西坡向南延伸。他立刻增加四个连的兵力向机场方向实施正面进攻,另外派出两个连从南面包围高地。马利姆周围的阵地由新西兰第二十二营扼守,营长是安德鲁中校。在通信与信号系统均遭破坏后,他认为已不再能对其部队实施有效的指挥,于是便在强大的压力下趁夜暗撤离阵地。这次&ldo;从马利姆的撤退&rdo;导致了整个克里特岛的失陷。