不过,蒙古人在八鲁弯的失败令东伊朗一些尚未被占领的城市居民勇气大增。公元1221年11月,即八鲁弯战役之后,赫拉特城揭竿而起。从公元1222年6月14日开始,蒙古将军按只吉歹经过整整六个月的围困之后,才将赫拉特攻下。蒙古人杀死了全城居民,屠杀延续了整整一个星期。后来逃出去的一些人开始在马鲁城定居,叛逆的火种在他们心中并未熄灭,于是他们又做出了一件惊天动地的事情,他们杀死了拖雷委派到这里的波斯籍总督,拥立札阑丁为王。失吉忽秃忽将这些叛臣一个个毫不留情地全部杀死,屠杀完之后,他带着蒙古人假装离去,那些因为逃到郊外或者躲藏在地窖中幸免于难的人们以为敌人已经走了,便又回到了城里。没想到蒙古人出其不意地又杀了个回马枪,将这些幸存者全部杀死了。
总体来看,蒙古人夺取阿姆河地区及伊朗东部的城市时,所遇到的困难比在中国遇到的少。蒙古人因为在那些国家的穆斯林面前,他们是异教徒,也可以说是野蛮人,因此他们可以为所欲为地施行恐怖。而在中国,几百年来人们已经习惯于与他们为邻的生活。而且,在这些地方作战,他们似乎更多地利用了当地居民。每夺取一个城市之前,他们都会到邻近地区把男性居民集合起来,让这些人腰里挂上刀剑,驱赶着他们到前线去打仗。他们根本不管这些人的死活,当他们被自己同胞所杀、尸体填满沟壕的时候,蒙古人丝毫不会降低冲锋的气势,直打得守城兵将有招架之功无还手之力。有时,蒙古人还会让这些抓来的士兵装扮成蒙古人,每十个人发给一面蒙古旗,给敌人造成一种假象,远远望去草原上到处都是成吉思汗的大军,这种诡计有时还是很奏效的,使敌人在心理上就先败下阵来。当这些人的作用发挥完毕之后,蒙古人会毫不手软地将他们全部杀害。在严明的纪律性与组织性的前提下,蒙古人广泛地使用着这种可恶的战术。就这样,成吉思汗利用布哈拉的俘虏去围困撒马尔罕,然后又利用撒马尔罕的俘虏去围困玉龙灰赤,用呼罗珊的村民去帮助拖雷攻占马鲁。蒙古人已经成了恐怖的化身,在这种情况下,任何人都无法逃出他们的手心,因此没有任何人敢去反抗他们。占领奈撒后,蒙古人把所有的居民集中到一起,让他们彼此将双手绑在身后。所有人都服从了命令。如果他们能够逃到附近的山中,也许还能保住性命,但他们被绳子连接在一起,就只能束手就擒了。就这样,他们无论男女老幼,全部被蒙古人用箭射死。
但在蒙古帝国内部,始终划分着严格的行政等级,军队也遵守着严格的纪律。他们屠杀了五分之四的居民,为了管理剩余的那些人,蒙古人在每个城市设置了一个民政官,被称作达鲁花赤,这些人多为回纥人,也有波斯人,每个民政官都配备了能够用回纥与波斯两种语言做文字记录的司书。
经过以成吉思汗为首的蒙古人暴风骤雨般的洗劫之后,伊朗东部的城市便再也没能够复苏。在巴里赫城,直到现在还残留着蒙古人破坏的痕迹。公元15世纪,帖木儿王朝的沙合鲁&iddot;兀鲁伯与忽辛&iddot;拜合剌曾经试图复兴这些地区,但由于受到的创伤太重,没有能够全部恢复。在洗劫东伊朗的过程中,成吉思汗被视作阿拉伯-波斯文明最可怕的敌人,穆斯林作家谴责他是堕入地狱的人,是万恶之首。但实际上成吉思汗并没有从根本上敌视伊斯兰教。他之所以禁止穆斯林沐浴和宰杀牛羊,是因为这些行为同蒙古人的风俗与信仰不符。他之所以将伊朗东部的城市文明毁灭,取消了耕地,是因为他打算在西南边境地区建立起一个人为的平原,一个&ldo;无人地区&rdo;,以作为他的帝国的缓冲带。因此,同时有两种想法占据着他的思维,一方面,他是个十足的政治家,不可能去倡导宗教战争;另一方面,他本身就是个游牧者,根本无法理解定居者的生活。因此,他理所当然地要毁灭城市文明,取消农业生产,把耕地退变成草原。他认为只有草原才是最适合生活的地方,也更易于管理。
在兴都库什山南部的阿富汗,成吉思汗曾经停留过很长一段时间。成为世界征服者后,成吉思汗很想回到蒙古地区去,而且他想弄清道教的长生不老药到底是什么样的,于是邀请道教长老丘长春到他那里去。公元1220年,丘长春接到邀请后从中国出发,经过回纥地区、阿历麻里、塔拉斯与撒马尔罕后终于到达了阿富汗,此时已经是公元1222的5月,成吉思汗在这里召见了他。公元1222年秋,成吉思汗又一次渡过阿姆河,经过布哈拉时,他怀着好奇的心情让人们给他讲述穆斯林宗教的教义。听完后他觉得穆斯林的教义是有道理的,但他认为到麦加朝圣是无用的举动,因为他觉得全世界都在上帝(即蒙古人的腾格里)的统治之下,上帝无所不在。在撒马尔罕,他命令人们在进行祈祷时使用他的名字,因为他已经取代了苏丹摩诃末,成为那里新的统治者。成吉思汗免除了穆斯林教士伊玛木与哈得民事法官的赋税,这些都说明他认为穆斯林的残暴行为完全是战争所致,与宗教无关。在撒马尔罕度过了冬天后,成吉思汗又在锡尔河北岸度过了公元1223年的春季。他在塔什干附近的齐尔克河谷举行过一次类似朝廷集会的野外大会。所有的那颜与把阿秃儿围坐在一起,成吉思汗则坐在正中间的一个金色的座椅上。后来,大概仍然是公元1223年的春季,他和儿子们在亚历山大北面的忽阑巴乞草原上,还举行过一次忽邻勒塔大会。在这段日子里,他的将士们经常进行大规模的狩猎,并以此为乐。成吉思汗在塔拉斯河与楚河间草原上度过了公元1223年的夏天,又在额尔齐斯河附近度过了公元1224年的夏天。公元1225年春天,成吉思汗回到了蒙古。