1924年9月,江浙战争爆发。直系江苏督军齐燮元与皖系浙江督军卢永祥,为争夺上海而进行激战,孙传芳认为有机可乘,便决定让出福建,率军入浙,援助齐燮元,当然,其真正目的是为了入浙开辟新地盘。周荫人也巴不得孙传芳离开福建,所以表示支持。于是,孙传芳率部入浙。为了使部队置之死地而后生,孙传芳发给官兵每人一本《入浙手册》,内容大意是说,我们是被周荫人给逼出来的,福建不能再回了,我们要勇往直前,进入杭州。孙传芳规定,部队宿营、休息、吃饭,甚至行军时,都要由官长领着士兵念,激励斗志。所以,孙军入浙时,穿短裤、着草鞋、戴斗笠,凶猛如饿虎。浙江屏障仙霞岭防守司令张国威,慑于孙军的勇猛,未战即降,引孙军直取杭州。卢永祥见大势已去,仓惶北逃。孙军乘胜追击,与齐燮元部夹击卢永祥部于淞沪。卢永祥大败,通电下野,残部为孙传芳所收编。孙传芳入浙成功,坐收渔利,并出任闽浙巡阅使兼浙江军务督理。
1924年10月,在第二次直奉战争的关键时刻,冯玉祥自古北口班师回京,通电主和,囚禁&ldo;贿选总统&rdo;曹锟,迫使吴佩孚浮海南逃,直系迅速溃败。11月,段祺瑞上台执政,但北京政府实际处于冯玉祥和张作霖的共同控制之下。段祺瑞就任后,即命卢永祥为江浙宣抚使,要消灭齐燮元部,夺回地盘。张作霖也企图向南扩张,派张宗昌率部南下。
齐燮元得此消息,急约孙传芳在上海晤商御敌之策,决定成立江浙联军第一、二路司令部,共同御奉,维持直系的一线生机。1925年1月,孙伟芳出任江浙联军第二路军总司令,督办浙江军务。孙传芳虽与齐燮元联合御奉,但他也知道,区区的江浙联军难以抵挡奉军的进攻,为自己着想,他暗中派其亲信、浙江盐运使王金钰去见张作霖。张作霖也有意拉笼孙传芳,当即保证消灭齐部后,停止向浙江进军。1月中旬,奉军张宗昌部及卢永祥部向沪宁线的齐军步步进逼。1月17日起,两军大战于丹阳、无锡间。在此时候,孙传芳突然将协同齐军作战的部队撤走。1月25日,齐燮元从苏州狼狈败退上海,通电下野,旋赴日本,部队为孙传芳所接收。奉军进入上海,张宗昌约孙传芳会晤,两人结拜为兄弟。后卢永祥被任命为江苏督办,与孙传芳签订了江浙互不侵犯的和平公约。这样,孙传芳依靠其不光彩的手段,稳得浙江这一地盘。
1925年间,奉军多次入关,到当年9月,津浦沿线各省区全部为奉系所占有。奉系向东南扩张,直接威胁浙江。孙传芳既感到恐惧,但他也看到奉军孤军深入,人地生疏,将领之间矛盾重重;冯玉祥和张作霖已势成水火;而吴佩孚又有重整旗鼓,东山再起之势。于是,孙传芳决定利用这一时机,与奉军一决雌雄。他派王金钰为代表住在奉天,迷惑张作霖。又派心腹杨文恺到福州联络周荫人,到上海联络国民党人,以缓解后顾之忧。之后,再派杨文恺到张家口会见冯玉祥,请冯玉祥在北方牵制奉军。冯玉祥还与孙传芳结拜为兄弟。此外,杨文恺再衔命前往岳阳,代表孙传芳敦请吴佩孚出任十四省讨贼联军总司令。杨文恺还游说江苏军务帮办陈调元,约定里应外合,驱逐奉系江苏督军杨宇霆。孙传芳还利用江苏人民痛恨奉军这一有利条件,发动上海、南京等地的士绅、群众举行抗议奉军暴行的游行请愿,为进攻奉军制造舆论准备。
1925年10月,孙传芳联络苏、皖、赣、闽几省的直系军阀,以&ldo;双十节&rdo;检阅为名,调集大军,于10月15日自称为浙闽皖赣苏五省联军总司令,分五路出兵进攻上海,奉浙战争爆发。奉系杨宇霆、姜登选等兵败弃职而逃,孙传芳很快占领上海、南京。接着,孙传芳命谢鸿勋、卢香亭等率部往北推进。
张作霖不甘心失败,任命张宗昌为江苏善后督办,施从滨为安徽善后督办,率领白俄军等部南下收复失地。张宗昌任命施从滨为前敌总指挥,率兵从兖州、泰安防地出发,进占蚌埠。施军与孙军在蚌埠一带激战,结果施军战败,施从滨也被俘。当施从滨率军南下时,孙传芳连发三个电报要施同他合作,倒戈内应,但施不予理睬。孙传芳俘虏施从滨后,即于当晚将其斩决,并弃尸旷野数日。这一残暴行为,也为他十年后被刺身亡埋下了祸根。
孙传芳大军乘着屡战屡胜的声势,一直打到徐州以北的山东边境,才停止追击。此时的孙传芳,急欲筹组五省联军,称霸东南。于是,奉浙战争结束,孙传芳在徐州子房山大摆庆功宴会。11月23日,孙传芳由徐州凯旋南京。25日,召开五省联军大会,宣布成立浙、闽、苏、皖、赣五省联军,自任总司令兼江苏总司令,任命周荫人为福建总司令,卢香亭为浙江总司令、陈调元为安徽总司令、邓如琢为江西总司令、刘宗征为总参谋长,杨文恺为总参议,万鸿图为秘书长。又聘请日本人冈村宁次为高等军事顾问,社会名流蒋百里、章太炎为顾问。从此,孙传芳统辖富庶的东南五省,成为吴佩孚以外另树一帜的直系巨头。
1926年夏,广东国民革命军开始北伐,吴佩孚在两湖连遭惨败,多次急电孙传芳出兵援助,但孙传芳却按兵不动,他想趁吴佩孚失去两湖后,再由他坐收渔利。9月,国民革命军进攻江西,孙传芳才出兵应战。他根本没把北伐军看在眼里,应战的目的是为了夺取武汉、长沙。但是,不到一个半月,孙军遭到惨败。谢鸿勋战死,邓如琢溃败,卢香亭部受重创,九江、南昌难保,孙传芳狼狈逃回南京,孙军亦全部退出江西。