奥内利亚之战一举成功使拿破仑备受鼓舞。6月20日,他又想出了一项以迪莫宾的意大利军团向前推进的作战计划。该计划建议与左翼的阿尔卑斯军团协同作战,经斯图拉河谷入侵皮埃蒙特。这个计划几乎可以说是布塞1774年为梅里布元帅入侵皮埃蒙特所拟定的那个计划的精确翻版。拿破仑的这个计划还附有一份引人注目的备忘录,综述法国武装部队当时的战略形势。当时法国正与奥、英、皮埃蒙特和西班牙同时交战。罗伯斯庇尔急于全线发动攻势,而其战略顾问卡尔诺则比较谨慎,他宁肯取守势以保存国力。拿破仑在备忘录中指出,法国有十四个军团散布在国境线上,不可能以十四个军团全线出击。这是因为不仅到处缺乏训练有素的军士,而且马匹、弹药也供不应求。他还指出试图入侵西班牙是很不明智的,因此比利牛斯军团以继续取守势为妥。意大利军团和阿尔卑斯军团应合为一体并力入侵皮埃蒙特以迫其媾和,然后再经伦巴第和提罗耳推进,会同莱茵军团威胁维也纳。这是对战略形势的一个精辟分析,同时也正好展示了拿破仑1796到1805年间的战略。
六月底,拿破仑入侵皮埃蒙特的作战计划及其政治战略备忘录由小罗伯斯庇尔带到巴黎,呈交救国委员会。但是,时不凑巧,由于民心对恐怖统治已深恶痛绝,巴黎的政治形势正急转直下。7月27日罗伯斯庇尔的专制统治被热月[译者注:热月是法国革命历的第11月,公历的7月19日起至8月17日止,热月9日政变,即1794年7月27日发动的政变。]9日政变所推翻,卡尔诺也因此取消了拟定的皮埃蒙特攻势。
热月政变也使拿破仑个人时运不济。小罗伯斯庇尔曾是他的坚强后盾,但是现在所有与他们兄弟过从甚密的人都成了政治上的嫌疑分子。7月15日,迪莫宾部队里的一位特派员里可德曾派拿破仑去中立城市热那亚执行一项情报任务,同行的还有一位瑞士银行家哈勒,他是代表法国政府去那里筹措贷款的。而救国委员会则怀疑拿破仑卷入某种政治阴谋并下令立即逮捕他。8月9日,他被监禁于昂蒂布的卡尔堡,他的文件也受到搜查,但未发现何任何罪证。他的朋友萨利切蒂奉命调查此事,设法澄清了他的问题。萨利切蒂向救国委员会汇报说拿破仑是军中不可缺少的人物。拿破仑遂于8月20日获释并返回尼斯就职。
萨利切蒂保释拿破仑的理由是很充分的,因为当时他正敦促迪莫宾发动一次秋季攻势以便占领卡蒂波纳隘道。那是萨沃纳以西,位于阿尔卑斯山滨海地区和利古里亚的亚平宁山区之间的一个重要的鞍部。该隘道提供了一条通往皮埃蒙特平原的捷径。这是拿破仑以布塞思想为指导而拟定的又一个作战计划。迪莫宾9月15日发起攻势,21日攻占位于博尔米达河谷的代戈。迪莫宾向国民公会报捷时宣称,他的成功应归功于&ldo;炮兵指挥官的才干&rdo;。
迪莫宾的攻势推进到代戈就奉命停下来了,这是因为卡尔诺不愿意在山地陷入冬季战役。此外,他还急于用意大利军团在科西嘉登陆,因为保利已允许英国海军在那里建立前进基地。拿破仑负责组织远征军炮兵分遣队,但由于天气恶劣,加之英国舰队在实力上占优势,远征军一直到1795年3月11日才驶离土伦。拿破仑与远征军一起出发。这是他生平第二次在科西嘉水域参加联合作战,结果也象第一次一样以中途夭折而告终。3月14日,远征军与霍瑟姆中将率领的一支英国舰队遭遇,受其痛击,被迫返回土伦。
在此期间,舍雷尔将军(1747-1804)已于1794年11月初接替了迪莫宾任意大利军团司令。他在一份秘密报告里对拿破仑是这样评论的:
该军官是一位炮兵专家,精通本兵种知识,但野心未免太大,而且好耍弄权术向上钻营。
1795年3月3日,舍雷尔又为克勒曼将军(1735-1820)所接替。克勒曼是一个粗鲁而年长的阿尔萨斯人。1792年9月,他曾在瓦尔米协力击败过普鲁士人。拿破仑后来在评论克勒曼时说:&ldo;作为总司令所必需的素质,克勒曼一点也没有。&rdo;
5月初,拿破仑辞去了意大利军团炮兵司令之职,回到了巴黎。他在那里一连数周都无人问津。许多政客都因他与罗伯斯庇尔集团关系密切而对他存有疑心。6月,他奉派去法国西部指挥一个步兵旅,但他愤然拒绝并以身体欠安为托辞。
在拿破仑离开意大利军团期间,奥撒联军在6月24日发动了一次攻势,把克勒曼的部队从他们据守的阿尔卑斯山滨海山区的山脊阵地赶了出来。法军被迫后撤至洛阿诺以南的博盖托一线并且放弃了有用的小港法多。
1795年夏,巴黎又孕育着新的政治骚动,拿破仑密切注视着巴黎事态的发展并与有影响的人士保持着接触,他意识到一场政府危机即将到来。在他保持接触的人士中,有一个就是他在围攻土伦时第一次见到的老阴谋家巴拉斯。8月,拿破仑突然间时来运转,因为他被派到救国委员会测绘局任职,成为国民公会的军事计划官员,而这正是老资格的卡尔诺以前所占据的职位。与此同时,他还盘算着其它几种可供选择的职务,例如去土耳其任军事代表团团长。
次月,政治危机开始爆发,9月21日全国举行选举以决定制定新宪法事宜。鉴于政治情绪日益高涨,国民公会授予巴拉斯全权以维持秩序。政府官员们躲在筑有街垒的卢佛尔宫和杜伊勒里宫内,10月5日一群敌对的暴民试图袭击他们。巴拉斯让拿破仑指挥&ldo;内防军&rdo;,这就是说除前线部队以外的所有部队都由他指挥。拿破仑在巴拉斯授权他使用武力之后,立即派遣了一名叫缪拉的骑兵军官到附近的炮兵仓库去收集大炮,并用大炮控制了通往王宫的通道,当暴民们蜂涌而至时,他开炮将他们击溃。这就是&ldo;葡月[译者注:葡月,法国革命历的第1个月,公历的9月22日至10月21日止。]13日&rdo;政变。