十天之后,拿破仑好运已尽,厄运降临。他原留在亚历山大的舰队是由布律埃斯将军指挥的,但拿破仑走时并未对其下一步行动路线作明确的指示。布律埃斯的舰队既可在那里的旧港隐蔽,也可在旧港以东十四英里相当隐蔽的阿布基尔湾锚泊。如果这两地都不合适,他还可以驶往八百英里外的科孚岛。布律埃斯在测量了旧港的水深后断定旧港容不下他的全部舰只,而且一旦纳尔逊的舰队出现,他的舰队就会陷入困境。因此,他决定把他的十三艘战舰和四艘快速帆船停泊在阿布基尔湾,在距海岸约一英里半远的海面上与海岸平行成一字摆开。
8月1日下午,纳尔逊的十四艘战舰,载着一千门火炮,顺风驶向阿布基尔湾。布律埃斯为之就范。那天下午,他的水手正好有一半在岸上搜集饮水和给养。纳尔逊的舰只向他们逼近,其中有些舰只冒险驶进法国军舰和浅滩之间的狭窄水道。法国军舰没有料到朝陆地的那面会受到攻击,没有在那边配置炮手。现在法舰两侧都受到近距离炮火的扫射。尽管他们也进行了英勇的抗击,但终为掌握更佳的驾驶技术和射击技术的英军所击败,布律埃斯将军战死。当晚他的旗舰&ldo;东方号&rdo;也起火爆炸。次日拂晓,除了在后面的维尔纳夫将军的海军中队外,所有的法军舰只都被打得不能动弹。维尔纳夫的两艘战舰和两艘快速帆船由于未与敌舰激战才得以脱险。纳尔逊的舰队也由于损伤惨重而无力追击。
尽管自己的指示非常空泛,但拿破仑还是把这次惨败的责任全推到那位倒霉的海军将军身上。至此,他的军队与法国的联系已被切断。仅剩下亚历山大港的两艘快速帆船和几艘传递公文的船只,而那些船只也冒被胡德准将歼击的风险。胡德准将的中队是纳尔逊专门留下来封锁埃及海岸的。这么一来,这位埃及征服者的形势就不妙了。尽管他在两次战斗中都击败过马穆鲁克,但他并没有消灭他们。易卜拉欣已越过西奈半岛退往巴勒斯坦,而穆拉德则往南退到了上埃及。
9月2日,即阿布基尔湾海战一个月之后,土耳其向法国宣战。而拿破仑过了很久才得知这个消息。拿破仑即使知道了也装做不知道。其实,这件事是于他极为不利的。第一,它使抗法运动强硬起来,这一抵抗运动不仅得到了马穆鲁克的支持而且也得到了广大农民和贝督因牧民的响应,因为苏丹和哈里发已向这些异教徒发起了圣战。第二,这就使拿破仑的那些宣传成了一派胡言,因为他一直都声称他是代表其朋友和盟友苏丹从马穆鲁克的压迫之下解放埃及的。第三,这还意味着孤守埃及的法军最终必将受到土耳其的陆军和英国海军的联合进攻。
然而,拿破仑对这些危险却视而不见,继续巩固他在整个埃及的权力。在把易卜拉欣逐到西边的巴勒斯坦后,他在八月底又派德塞率一个战斗力较弱的师和几艘炮舰溯尼罗河而上去追击穆拉德的残兵。尽管德塞以巨大的精力和决心执行这项任务,但仍未取得决定性的胜利。德塞不顾重重困难,把穆拉德一直追到阿斯旺,在那里他为第一大瀑布所阻。他甚至还派了一支骆驼队去占领红海边的古赛尔,以便阻止穆拉德获得麦加方向的阿拉伯部队的增援。马穆鲁克及其阿拉伯盟友虽然屡战屡败,但他们通常都能设法避免决定性的会战。
此时,拿破仑在开罗还有个人烦恼有待解决。他已了解到约瑟芬对他不忠,因此他的脾气也变得越来越暴躁。为了寻求安慰,他勾引了一个骑兵少尉的妻子。这个女人是在土伦偷偷登船跟丈夫一起过来的。10月21日,在开罗爆发了一场意外的反抗法军占领的暴乱,但两天之内就被无情地镇压下去了。爱资哈尔清真寺据认为是暴乱的中心,结果遭到了毁灭性的炮击。拿破仑给在罗赛塔的梅努的信中说:&ldo;在开罗这边,我平均每天要砍五六个人头。&rdo;
将近12月底时,拿破仑率一支小型侦察队前往苏伊士,该地早已为邦将军所占领。他的主要目的是想获得西奈半岛的阿拉伯部落的友谊以便实现其进军印度的伟大梦想,这一梦想象海市蜃楼一样浮现在他的脑际。其实在来埃及之前他就制订了这一计划,但当时是想与土耳其结盟来执行这一计划的。既然自己的行动已引起了土耳其的反对,他就寄希望于阿拉伯世界起来反对他们,因此他的这一着比t&iddot;e&iddot;劳伦斯[译者注:t&iddot;e&iddot;劳伦斯(1888-1935)世称阿拉伯的劳伦斯,是英国考古学家、军人及作家。]的梦想还要早。他新近获悉叙利亚的土耳其总督杰查(外号&ldo;屠夫&rdo;)正在阿克附近集结一支土耳其军队准备入侵埃及。
拿破仑决定先发制人。他计划进军阿克,击败杰查,然后率领新召募的五万大军(包括法国人,阿拉伯人和努比亚人)逼迫苏丹言和,进而协助他进军印度。11月19日,他给杰查下了最后通谍:&ldo;如果你继续在埃及边界为易卜拉欣提供避难所,我将视之为战争行为并将向阿克进军。&rdo;由于未获答复,拿破仑便按计划行事。为了入侵巴勒斯坦,他集结了一支由四个师组成的远征队,分别由克莱贝尔、邦、拉纳和雷尼埃指挥;杜高留下镇守开罗,梅努驻防罗赛塔。德塞师仍留在上埃及征讨穆拉德。1799年1月25日,拿破仑给在塞林加帕坦的蒂普苏丹写了一封信,告诉他&ldo;一支难以数计和无往不胜的法军&rdo;即将把他&ldo;从英国的铁枷下&rdo;解救出来。然而,他却未料到四个月后,蒂普苏丹竟会陈尸于他的要塞的残垣断壁之中,英国的阿瑟&iddot;韦尔斯利中校成了那里的总督。