7月1日中午,尽管刮着北风,部队还是开始在马拉布特登陆。登陆行动是缓慢而艰难的,但是到第二天拂晓时,由邦、梅努和克莱贝尔[注:克莱贝尔将军(1753-1800),他1789到1796年间在莱茵军团服役时就屡建战功。1799年8月,拿破仑离开埃及时,曾把东方军团的指挥权交给了克莱贝尔,1800年6月14日他被一名埃及狂热份子刺杀。]所指挥的三个师中的部分官兵已经登岸,只是没带火炮、骡马和给养。所有的人都晕了船而且有些人还被淹死。拿破仑决定立即向亚历山大前进,尽管他只有四千人上岸而且没有炮兵。他们没带食物和水,沿着沙丘痛苦地向前进军并迅即向该镇发起冲击,结果只遇到了微弱、零星的抵抗。中午时分,法军以伤亡三百人的代价占领了亚历山大,不过克莱贝尔和梅努两位师长也负了伤。
拿破仑用阿拉伯文向当地居民发布了一份异乎寻常的告示。他声称法国人不是来打埃及人,而只是打击压迫他们的马穆鲁克统治者。他还宣称法国人是真穆斯林,并早已废黜了&ldo;经常挑唆基督徒与穆斯林打仗&rdo;的教皇。因此,他要求所有真正的埃及人应帮助法国人驱逐马穆鲁克。然后,他便向当地教长和阿訇授以三色勋章。
六天之后,所有的部队和物资都上岸了。拿破仑把全军分成五个师,开始向开罗进军。克莱贝尔率二千人留守亚历山大并任总督,梅努受命占领罗塞塔后也留任总督。梅努的师由维埃接管,而克莱贝尔的师由杜高接管。杜高师先向东开赴罗塞塔,然后由罗塞塔沿尼罗河的西面支流溯河而上,保护由船只运送的辎重、弹药和文职人员;佩里上校指挥的炮艇负责护航。拿破仑则率德塞、雷尼埃、邦和维埃的四个师抄近路,穿沙漠,经达曼胡尔向尼罗河上的拉曼尼亚进军。这段长达五十二英里的进军是在全年最炎热的季节进行的。拿破仑陷入了几乎完全无水的沙漠,一群群骑马的阿拉伯人在其翼侧伺机而动,随时准备捕杀掉队的法军。令人难以置信的似乎是拿破仑竟疏忽到这种程度,他不但没有给部队提供热带服装而且连水壶也没有准备。部队干渴难熬,口粮也仅是从船上带来的硬饼干。任何跟不上大部队的掉队者都会遭到贝督因人的凌辱和肢解。部队不敢歇息一气走到尼罗河边,在那里又因暴食西瓜而普遍腹泻。部队士气低落,而师长们也纷纷在拿破仑面前叫苦不迭。
在拉马尼亚,这支沙漠纵队与杜高师会合了。杜高师自罗塞塔溯尼罗河而上的进军则轻松得多。尽管拿破仑的四个师一路历尽艰辛,他还是决定不让他们休息,为了趁马穆鲁克面对拿破仑十天前的登陆尚惊魂未定之际打它个措手不及,他必须立即向上游一百余英里的开罗进军。7月11日下午,他检阅了部队并告诉他们明天就可能遇到敌人,他获悉马穆鲁克的前卫在穆拉德的指挥下已抵达其南面八英里处的舒卜拉基特,而且还得到了一队炮艇的支援。
法军在12日夜间继续行军并于拂晓前抵达舒卜拉基特。在这里,拿破仑把每一个师都组成一个方阵,每个方阵六列纵深,在方阵的四角都配备有火炮;五个方阵成梯次配置,杜高师在左侧,靠近尼罗河以便与船队保持联系。日出时,各团乐队在方阵中奏起了马赛曲。这时,法军看见马穆鲁克的骑兵已经作好了战斗准备,大约有一万至一万二千人。穆拉德的战士们策马向前想试探法军的方阵,结果发现到处都是法军的枪刺刀丛。最后他们开始冲锋,但立即遭到了滑膛枪和霰弹的迎头痛击。他们反复冲杀,始终未能攻破法军的方阵。在左翼,佩里的船队却遇到了麻烦,由希腊水手操纵的马穆鲁克的七艘炮艇咬住了他。佩里仅有三艘炮艇和两艘载着所有科学家和其他文职人员的大驳船。法军船队大约伤亡了三十人,可是佩里的炮艇却有一炮直接命中了马穆鲁克旗舰的弹药舱,舰上的人全被炸死。其余的炮艇惊慌失措,一片混乱,不战自退。
将法军以师为单位组成方阵来对抗马穆鲁克的骑兵冲击,这是拿破仑在舒卜拉基特会战中临时想起的一个非凡的战术应变措施。在此以前,法军从未采用过这种队形。英军在半岛战争期间,每当步兵暴露在骑兵攻势面前时倒常采用营方阵,但从未如此大规模地以整师的兵力构成方阵,拿破仑也许是从他过去对亚历山大的马其顿方阵所作的历史研究中推演出来的,这无疑为对付马穆鲁克的战术提供了答案。
交战一结束,拿破仑立即乘胜追击溃退之敌。尽管怪石嶙峋且天气酷热难熬,法军仍勇往直前。7月20日傍晚,法军抵达离开罗只有12英里远的尼罗河分叉处。在那里,拿破仑获悉马穆鲁克的全部军队都在开罗以北的尼罗河两岸严阵以待。穆拉德在左岸的因巴拜,而易卜拉欣则在右岸的布拉克。在他们之间,还有一支马穆鲁克的武装船队守卫在河上。
法军于21日凌晨2时开始进发,大约到下午2时,就碰上了在因巴拜掘壕据守的马穆鲁克,他们大约有步兵一万二千人,同时翼侧有五千骑兵。而法军五个师计有战斗兵力二万五千人。金字塔远远望去赫然耸现。拿破仑又象在舒卜拉基特一样把五个师摆成了五个方阵,德塞在右,杜高在左(靠近尼罗河岸)。法军方阵刚刚摆好,穆拉德就率其全部骑兵向法军冲击。结果与舒卜拉基特时一样,只不过规模更大些罢了。马穆鲁克的骑兵以令人难以置信的英勇反复冲锋,但都遭到法军霰弹和排枪的射杀。经过两小时的激战,马穆鲁克损失了七八百人,这才弃阵而逃。穆拉德经开罗向尼罗河上游退去,而易卜拉欣则率右岸的部队朝东北方向的西奈沙漠逃去。法军也伤亡了三四百人。