那天夜晚平安无事,所以拿破仑仍深信梅拉斯已经向北或者向南溜走。
14日清晨,他命令在蓬特库隆作预备队的拉普师北渡波河,然后往西朝瓦兰察方向搜索。里伐德的骑兵旅也被派往位于沙里的右翼。同时,他还派人去通知德塞往西朝波佐罗-弗米加诺方向派出一支搜索队以探明敌人的行踪,德塞已于日前被派往罗维。这些命令刚一发出,会战就在上午九时左右突然爆发,奥军越过博尔米达桥出其不意地大举进攻。与拿破仑收到的报告正好相反,河上那座桥不但没有被破坏,而且另外还有两座浮桥通向一座严密设防的桥头阵地。从这里,三支强大的奥军直扑拉纳和维克托所据守的前哨阵地。一场殊死的战斗随即展开。经过两小时的激战,加尔达内师被逐出了马伦哥。维克托派沙门巴克师前往增援,但法军仍不能收复失去的阵地。位于右翼的华亭师也被逐出了卡斯特尔切利奥洛。上午11时,拿破仑以其唯一可动用的预备队莫尼尔师支援华亭师,因为拉普师已被他派到波河彼岸去了。他派一名副官去召回拉普,但是命令一直到傍晚才送到。莫尼尔师虽一度夺回了卡斯特尔切利奥洛,但最后还是被逐出。此时此刻形势极为严重:拉纳军和维克托军伤亡都很大,弹药也消耗殆尽;更为严重的是法军仅有十五门炮参战,而奥军却有近百门炮;由于炮兵远居劣势,法军的这两个军不得不且战且退;在三个骑兵旅反冲击的掩护下,他们一直退到四英里半外的圣吉利亚诺村。
拿破仑和他的参谋们,这时骑马赶到了圣吉利亚诺,但由于已无预备队可用,会战看来败局已定。当天早些时候,在他意识到他正受到梅拉斯全部兵力的攻击时,他曾派副官布鲁耶尔斯到十二英里之外的塞拉伐里去传令德塞火速赶回圣吉利亚诺。下午5时,正当千钧一发之际,德塞率包德师赶到了。拿破仑、贝尔蒂埃和德塞匆匆在马背上紧急会商。德塞说,他在反攻之前必须有强有力的炮火准备,他带来了包德师炮兵的八门炮,加上马尔蒙仍在战场上使用的十门炮,共十八门炮,以此对胜利中的奥军纵队用霰弹实施近距离急袭。包德把他的两个步兵旅部署在亚历山大里亚道路的两侧,而德塞则身先士卒领导反冲击,但不幸重伤身亡。拿破仑命令克勒曼[注:克勒曼(1770-1835),缪拉的骑兵旅长之一。瓦密之战(1792)的英雄弗兰西斯克利斯朵夫&iddot;克勒曼将军之子。]支援反冲击,当时克勒曼的骑兵旅仅剩下四百人,另外再加上第一执政近卫军的两个骑兵连,克勒曼挥鞭向业已动摇的奥军纵队的左翼冲击,在通往卡西纳格罗萨方向杀开了一条血路。这个步、骑、炮三兵种的联合反攻似乎摧垮了奥军的士气。奥军惊慌失措,向桥头阵地仓皇撤退,纷纷夺路过河,人马乱成一团。当晚,法军在他们前一夜所据守的卡斯特尔切利奥洛至马伦哥一线宿营。
这一仗,双方的损失都很惨重。法军伤亡五千八百三十五人,而奥军则高达九千四百人,占梅拉斯全部兵力的三分之一。次日上午,梅拉斯派人持停战旗前往法军阵地请求休战。15日傍晚,贝尔蒂埃和梅拉斯签订了亚历山大里亚停战协定。双方同意在最后和约签订之前停止在意大利境内的一切敌对行动。同时,奥军应不迟于6月26日撤至波河以北和明乔河以东地区。为了隔离法奥双方的军队还应在齐斯河与明乔河之间划一个非军事区。
从预备军团的前卫越过大圣伯纳德山口算起恰好过了一个月。意大利境内的战事现已结束。第一执政在国内战线还有更重要的事情要亲自处理。他把预备军团并入意大利军团,并全部交给马塞纳统率,他自己则于6月25日启程返回巴黎。
对于拿破仑翻过阿尔卑斯山从背后攻击意大利北部的奥军这一大胆的战略构想,人们是佩服的,但是在实施这一构想的过程中却出现了许多失误。这些失误有军事行政方面的,也有战略战术方面的,如同俄将苏沃洛夫一年前在类似尝试中所遇到的一样,几乎以失败而告终。说实在的,要不是在马伦哥会战高潮时交了一点好运,他必输无疑。
自1799年11月雾月政变拿破仑成为第一执政后,他既要统率法国的陆、海军,又要治理一个拥有三千万人口且处于混乱之中的国家。当时,国库空虚,武库里的武器、弹药及装备库存也消耗殆尽。军队因在意大利战场屡遭失败而士气低落。尽管拿破仑接过的是一副烂摊子,但他不仅在莱茵河一线维持了一个十万人的军团,在阿尔卑斯山的滨海地区维持一个五万人的军团,而且还在四个月内为其大胆的计划创建一个全新的预备军团。所以,无怪乎这支大军越过阿尔卑斯山时,武器弹药匮乏,步兵和骑兵都未达到编制人数。拿破仑在贝尔蒂埃的协助下曾作出了巨大的努力,并且取得了如贝尔蒂埃所声称的&ldo;不可能取得的成就&rdo;。
然而,翻越阿尔卑斯山的具体行动却没有精细地加以计划,对于实际困难也往往估计不足。拿破仑最初的意图是要部队翻越斯普流根山口和戈塔德山口来一个大迂回。直到4月初,梅拉斯进攻利古里亚亚平宁山区的马塞纳部时,立即取近道进兵才变得紧迫起来。于是,拿破仑命令贝尔蒂埃翻越辛普朗山口和大圣伯纳德山口。而最后,圣戈塔德山口和辛普朗山口却又都划给了莱茵军团的分遣部队。阿尔卑斯山各山口的预先侦察工作指定一名尉官负责,该尉官的任务实际上完成得很出色,但是对于炮兵翻山时的运输问题却欠考虑,而拿破仑所特制的运炮雪橇又证明毫无用处。要不是圣皮埃尔布尔格的伐木者帮忙,法军的火炮恐怕永远也运不过去。