在兴国一年半的时间内,他办了许多好事,清丈了田亩,减少了冗官,减轻了人民的负担。其中最快人心的事是惩处恶少张豹、张魁。张鏊作过兵部尚书,在南昌养老享福。而他的两个侄子张豹、张魁,却依仗叔父的权势,作威作福,无恶不作。一次到兴国买木材,以势欺人,鱼肉百姓。百姓到县衙诉苦告状,海瑞派人传讯张豹、张魁。这两个恶少不但不听,还突然跑到县衙大吵大闹。海瑞大怒,拿下二人送到府里,知府不但判他们无罪,居然把这两个恶少放回了家。海瑞气极,写信向上司力争。张鏊虽然设法四处求情,又出面写信求海瑞高抬贵手,但海瑞不理,终于把这两个横行欺市的家伙判了罪,大快了人心。
1562年,历任首辅二十年的大学士严嵩被嘉靖皇帝罢官免职。而严嵩所扶植的私党也相继倒台。其中包括胡宗宪和鄢懋卿。由于海瑞在他们当权的时候,敢于和他们抗衡,为此他的声望再度大增。这就使他在权势更替的时期分外引人瞩目,并成为众人心目中的偶像。三年之后,由新任吏部人选司郎中陆光祖推荐,海瑞做了户部主事,由江西调到北京。但不久发生的一件震惊朝野的奇事,却使他差点丢了性命。
在严嵩罢职三年后的1565年8月,嘉靖皇帝突然在几案上和被子里发现了一粒金丹和一只桃子,急忙询问是谁所为,然而左右侍卫没人承认。长期祈祷神灵、寻觅道家秘方以求长生不死的嘉靖,见无人承认,便鬼迷心窍,认为是上天的恩赐,当场服下,并洋洋自得地到太极殿去拜谢天地,随后又到太庙告知祖先。这件事,朝廷上下议论纷纷。有人祝贺,也有人不满,暗中讥笑。这种天赐仙桃的把戏,不过是皇帝身边的内侍所为,无非是想博得皇帝的欢喜。因为嘉靖时常为寻不到仙药和秘方而无故地痛打内侍,使得他们为此胆战心寒,不得不想点办法对付。果然,嘉靖上当了。
对于皇帝的这种愚昧行为,海瑞当然明察。于是,他经过一番考虑,决定置死上疏,来揭穿这场闹剧。他在奏疏中说,日前严嵩罢相,严世蕃受到极刑,算是大快人心。但严嵩罢相之后,同严嵩为相之前的情况相差无几,当今政治并不清明,比之汉文帝差之甚远。他说,天下不满陛下已久矣。古代君王有过,靠臣子匡正,今陛下修斋建醮,群臣相来进香。陛下得仙桃、天药,群臣纷纷称贺。陛下之事错,群臣顺从陛下亦为错矣。而满朝群臣没有一人肯来向陛下说出&ldo;真情&rdo;,实为诌谀之人,并为欺君之罪!而陛下最大的过错莫过于斋醮炼药以求长生。陛下受长生之术于陶仲文,并称为师。然陶仲文已死矣,他自不能长生,陛下又怎独求长生?仙桃天药,尤其怪妄。桃必采而后得,药必制而后成。今无故得之,是自跑来还是天有手送至?实为陛下左右奸人欺骗所为,而陛下以为真,实为大错矣……今愚民们传言,嘉者,家也;靖者,尽也!嘉靖的寓意则是&ldo;民穷财尽,家家皆净!&rdo;疏文的结尾说:&ldo;今群臣为保禄位而谄谀,百姓则惧怕责罚而闭言,臣实乃不胜愤恨,冒死上疏,以表区区微忱,敬希陛下垂听。
海瑞的疏文洋洋洒洒数百言,深刻尖锐,咄咄逼人,实乃古今罕见。连三百年后中国的一位新生巨人毛泽东都大加称赞。但当时的嘉靖读罢,却暴跳如雷,将疏文扔在地上,颤抖着身子喊道:&ldo;快把海瑞抓起来,别让他跑了。&rdo;
有太监在一旁回答:&ldo;这个海瑞根本无逃跑之意,听说他连棺材都做好了,还安排了后事。同时把他的老仆人也打发回家,免得受到牵连。&rdo;
嘉靖一听,愤怒中不免吃了一惊。他又拾起疏文看了一遍,觉得海瑞说得似乎有些道理,但那尖刻的笔锋和语言让他感到极为刺眼。嘉靖迟疑很久,和首辅徐阶商量,徐阶替海瑞说了一些好话。嘉靖思前想后,没有找到一个合适的处理海瑞的办法,只好把疏文留中不发。
1566年2月底,嘉靖皇帝终于一病不起。他感到胸腹坠闷,肠胃疼痛,再也不敢吞服金丹,而不得不请太医院的医生来诊治。病中的皇帝想起海瑞的疏文,还气愤难平,下令锦衣卫把他逮捕,押到东厂禁锢。海瑞在监狱一住就是十个月。
一天,狱中忽然设酒相待。海瑞以为自己死期已至,这是生前最后一餐,便对狱卒说:&ldo;这一天终于到了。&rdo;说完,神色不变,同往常一样地吃喝起来。提牢主事走到海瑞跟前,悄悄告诉他:&ldo;皇帝业已升天,并留有遗诏。&rdo;说着把从宫中抄来的皇帝遗诏递给海瑞。只见上面写道:
朕奉宗庙四十五年,享国长久,累朝无有,一念惓惓,惟敬天勤民是务。只缘多病,过求长生,遂至奸人诳惑。自今建言得罪诸臣,存者召用,殁者恤录,现在监者即释复原职。特此遗谕!
海瑞看完遗诏,双膝跪下,伏地大哭,伤心得呕吐不止,最后倒地昏迷不省了。
六十岁的嘉靖皇帝终于命归西天,葬入十三陵中的永陵。他的儿子朱载垕继位,是为隆庆皇帝。
隆庆帝按照先皇的遗诏,一一作了处理,海瑞也回到了户部。至于海瑞的官职问题,却是一件令人头痛的事。内阁大学士和吏部尚书再三思量,决定把他调出户部,加升为尚宝司丞,即管理皇帝大印的尚宝司的主官,官为正五品。由于他的一贯廉洁、忠心和刚正不阿的性格,上任不久就遭到一些同僚的反对。在这种情形下,吏部又将他调至大理寺担任寺丞。而海瑞的意见往往跟上司相左,很快又受到臣僚的仇视,在万般无奈中,吏部决定干脆让他闲置起来,但官职却是堂而皇之的南京通政司通政使,官阶也由五品升为正三品。