这时,从南太平洋和西南太平洋等地集结起来的第6集团军的精锐部队正搭乘两栖作战编队的舰船向吕宋岛航进。在莱特湾,麦克阿瑟将军乘坐&ldo;博伊西&rdo;号轻巡洋舰已与指挥第7两栖作战编队部分兵力(策78特混舰队)的巴比将军会合。这部分两栖作战兵力负责遣送步兵第1军(第6师和第43师)。金凯德将军乘坐两栖作战编队旗舰&ldo;瓦沙奇&rdo;号,后来又与指挥第7两栖作战编队另一部分兵力的威尔金森将军会合。这部分两栖作战兵力负责遣送步兵第14军(第37师和第40师)。
此后,巴比率领所属部队沿着奥尔登多夫编队的航线驶往仁牙因湾。虽然经由圣贝纳迪诺海峡是条近路,但因日军在吕宋岛南部还有机场,所以不能走这条航线。1月7日凌晨,当巴比将军的编队经过民都洛海峡即将进入南中国海时,遭到日军飞机的袭击,&ldo;博伊西&rdo;号旗舰险些被击中。当天下午,1架&ldo;神风&rdo;特攻机突破密集的防灾炮火,撞到1艘坦克登陆舰上。次日晨,巴比编队刚一驶进吕宋岛海域,就遭到1架携带炸弹的战斗机的撞击,使&ldo;加达山湾&rdo;号护航航空母舰丧失了作战能力。尔后不久,另1架特攻机撞毁了1艘满载陆军部队的运输船。8日傍晚,威尔金森编队又遭受袭击,&ldo;基特昆湾&rdo;号护航航空母舰被特攻机撞中,受到重创。同一天,&ldo;澳大利亚&rdo;号重巡洋舰又先后两次在湾内被撞中。虽然奥尔登多夫令该舰不要再继续执行战斗任务,但它一直继续坚持战斗。
尽管遭到日机的拼死抗击,两栖作战编队仍按原定计划到达仁牙因湾。登陆输送队于1月9日日出时驶抵换乘海域几分钟后,飞来3架&ldo;神风&rdo;特攻机,其中1架撞断了一艘护卫舰的桅杆,另1架撞到已经受到重创的&ldo;哥伦比亚&rdo;号轻巡洋舰上。当天下午,&ldo;神风&rdo;特攻机对&ldo;密西西比&rdo;号战列舰进行了俯冲,死伤多人。而&ldo;澳大利亚&rdo;号更不走运,遭到了第5次撞击。
在此期间,登陆突击部队除受到登陆场北侧高地上的日军炮兵的抗击外,几乎未遇到其他抵抗就登上了岸滩。因为日军采用了新的抗登陆战术,仅在岸滩阵地配置有限的兵力迟滞登陆兵的行动,所以奥尔登多夫编队就不必使用大口径舰炮进行长时间的炮火准备。山下奉文已率领其大部分部队向北撤退,准备在山地进行抗击。到9日日落前,登陆部队已把登陆场向纵深扩大3英里。
夜间,当仁牙因湾内的舰船施放烟幕,企图避开日机的空袭时,约有70艘胶合板制造的日本摩托艇,携带着炸药冲向美军的水面舰只。这些摩托艇绝大部分被舰炮击退或击毁,仅有几艘把炸药送到美军舰船的舷侧后逃走。日军的这次水上特攻行动,使美军的1艘步兵登陆艇沉没,并使1艘运输船,1艘步兵登陆艇和4艘坦克登陆舰受伤。
1月9日夜至10日凌晨,哈尔西大胆地率领第3舰队通过巴林塘海峡,深入到南中国海。麦凯恩的航空母舰特混舰队负责压制吕宋岛北部的日军机场,但中间有一段空隙时间,&ldo;神风&rdo;特攻队便趁机飞临仁牙因湾,对出入该湾的登陆输送队的舰船进行了撞击。&ldo;神风&rdo;特攻机于1月10日击伤盟军船只2艘,12日击伤9艘,13日又击伤3艘。向时,也对第7舰队开始进行猛烈的袭击。1月3日至13日,日军飞机(其中大部分是神风特攻机)先后击伤盟军舰船43船,其中重创18艘,击沉4艘;击毙人员738名,击伤约1400人。
哈尔西率领舰队进入南中国海的目的是袭击日本舰队。据估计,包括&ldo;伊势&rdo;号和&ldo;日向&rdo;号战列舰在内的日本舰队,可能驻泊在金兰湾。哈尔西认为,只有歼灭这支舰队,民都洛岛至仁牙因湾的海上补给线才能确保安全。1月l2日,麦凯恩舰队的舰载机出动近1500架次,对印度支那沿岸附近海域进行了搜索,但未发现日本舰队的踪迹。其实,日本舰队早就对此有所察觉,不久前已经转移到林加锚地。大量的日本舰船集结在那一带海域,很容易遭到袭击。第38特混舰队的飞机在这次空袭中共击沉日舰44艘,其中包括12艘油船及&ldo;香稚&rdo;号轻巡洋舰。同时还击毁100余架日军飞机。15日,美航空母舰编队的舰载机又空袭了台湾西南部的高雄港,虽因能见度不良,战斗活动受到影响,但仍击沉驱逐舰1艘和运输船1艘,重创油船l艘,并击毁日机34架。
次日,这支编队对中国沿海地区,尤其是对香港集中进行了袭击。但由于恶劣天气的影响,战斗行动部分受阻,加上遭到密集防空炮火的抗击,损失飞机22架。这次空袭的战果是击沉货船1艘、油船1艘、重创船只4艘,击毁飞机13架。
1月17日,快速补给舰群在吕宋岛以西海域对第38特混舰队进行海上加油。后来,当东京电台向全世界广播&ldo;美第3舰队被困在南中国海已成瓮中之鳖&rdo;时,哈尔西便利用黑云密布的夜暗时间,悄悄穿过巴林塘海峡,再次出现在太平洋上。
根据统帅部的原定部署,哈尔西应率舰队回乌利西基地,以便把指挥权交给斯普鲁恩斯。在此之前,哈尔西率领舰队再次对台湾进行了空袭,击沉油船和货船各5艘,击毁飞机60余架。这一次,日军出动飞机进行了反击,1颗炸弹击中&ldo;兰利&rdo;号轻型航空母舰,&ldo;神风&rdo;特攻机撞击了&ldo;提康德罗加&rdo;号大型航空母舰和担任警戒的&ldo;马多克斯&rdo;母驱逐舰。&ldo;兰利&rdo;号的破损不甚严重,仍能坚持战斗。但是,遭到&ldo;神风&rdo;机撞击的舰只却不得不在警戒舰只的护航下,撤回乌利西群岛。第38特混舰队的其余舰只则往东北方向驶去,以便对冲绳岛进行照相侦察,为下一步的登陆作战进行必要的准备,1月25日,第3舰队在完成支援麦克阿瑟西南太平洋部队夺取菲律宾的任务后回到乌利西群岛。哈尔西对此感到非常满意,他在给第3舰队官兵的告别信中写道:&ldo;我为你们的功绩感到骄傲,这种心情是难以用语言表达的……你们打得太出色了。&rdo;