拿破仑现有四个野战军团:在意大利有一个军团计七万人;在多瑙河,莫罗有十万人;在瑞士新组建的由麦克唐纳指挥的一个预备军团有一万四千人;此外,在莱茵河下游的美因茨还有一个高卢-巴达维亚军团,由奥热罗指挥,有一万四千人。8月,马塞纳被免除了意大利军团司令的职务,因为他受到贪污军饷的指控,代替他的是颇不称职的布律纳。11月底,战端重启,莫罗于12月3日在霍恩林登主动进攻,大败愚笨无能的约翰大公。结果三周之后,法奥签订了施太尔停战协定,多瑙河战场的敌对行动遂告一段落。
在意大利战场,布律纳象以往一样缺乏干劲,进展不大,但拿破仑命令麦克唐纳在隆冬穿过施普鲁根山口,他却马到成功,从特兰提诺河推进到波尔萨诺,结果导致特雷维索停战协定的签订,以及最后于1801年2月9日,法奥两国在吕内维尔签订了正式和约。
吕内维尔和约的签订结束了第二次反法同盟。对于领土问题,其处理方法与1797年签订的坎波-福米奥条约大致相同:即法国保留比利时和莱茵河左岸;在意大利,奥国则获得阿迪杰河以西的威尼斯领土作为补偿。伦巴第变成了意大利共和国,巴马、摩德纳和托斯卡纳等公园均并入其版图。巴达维亚、黑尔维谢、意大利和利古里亚共和国在名义上都承认为独立国家,但实际上均受法国支配。
奥国既已退出战争,拿破仑现在仅剩下英国需要对付,但在这方面他却受困于英国的海上霸权。1801年3月,阿贝克隆比在亚历山大港的胜利终于使法国人在秋天撤出了埃及,从而最后打破了拿破仑向东方扩张的美梦。3月23日沙皇保罗遇刺和4月2日纳尔逊在哥本哈根摧毁丹麦舰队使拿破仑拼凑北欧同盟以损害英国商业利益的企图受到了挫折。因此,他转而巩固自己在国内的地位并重整法国的财经资源。
拿破仑执政以来的地位一直都不稳固。他在雾月政变后夺权的专横手段使许多法国人都甚为反感。两股营垒分明的势力都反对他:其一是保皇党人,他们盼望恢复前国王的兄弟,即现已被放逐的普罗旺斯伯爵为代表的正统的波旁王朝。当时,保皇派在法国南部和西北部的活动尤为猖獗。在西北部,舒安分子甚至公开叛乱,因而遭到了无情的镇压。1800年9月,拿破仑曾致函普罗旺斯伯爵:&ldo;你不必考虑返回法国。否则,你将不得不从十万死尸上踏过去。&rdo;
为了安抚国内比较保守的份子,拿破仑决定与罗马天主教会握手言和。在此以前,教会一直为革命所取缔。拿破仑本人是无意于宗教的,他其实是一个不可知论者。但他却有非凡的心理洞察力,他意识到教会可以左右民众的感情。当时,法国国内还有四万名教区教士,他们对人们的思想产生相当大的影响。1800年3月,一位新选出的教皇庇护七世取代了庇护六世,因为后者在1798年受到督政府异常粗暴的对待并被逐出了罗马。1801年7月,拿破仑与新教皇缔结了&ldo;政教协议&rdo;,根据这一协议,天主教重新成为法国人信仰的宗教,但不是国教,教会置于政府的控制之下。
拿破仑专横地夺权也触怒了过激的共和派或雅各宾派人士,他们认为他的专制统治是对革命军队为之奋战的各项革命原则的否定。&ldo;政教协议&rdo;也引起了他们的愤慨,因为他们认为这是对革命戒律的一种反动,是复辟旧王朝的一种先兆。1800年圣诞节前夕,在拿破仑乘车前往剧院的途中,有人试图用定时炸弹谋刺他未遂。尽管事后查明这一阴谋系保皇党人所为,但拿破仑还是以此为借口逮捕和放逐了一些最激进的雅各宾派人士。
拿破仑的铁腕统治很快就重建了法律和秩序。他实行了许多行政改革并恢复了国家财政和经济的稳定,结果他的独裁政权又逐渐为人民所接收。在与英国政府进行了长期而艰苦的谈判之后,终于就和平条款达成了协议并于1802年2月25日正式缔结了亚眠和约。
1802年5月19日,拿破仑颁令对为国作出杰出贡献者设立荣誉军团,以取代革命所废除的旧王朝的封爵制度。这一革新也激起了批评,因为他似乎与革命所提倡的&ldo;平等&rdo;精神相悖。不过,荣誉军团的设立无疑增强了第一执政在军人和文职人员中的声望,尤其是在军人之中的声望。第一批荣誉军团成员的名单一直到十八个月后才公布,总共二千二百三十八人,其中只有一百零四人是文职人员。
与奥英两国缔结和约使法国在欧洲居于一种支配者的地位,也极大地提高了拿破仑的威望。1802年8月初,他被任命为终身执政,不过,并非无人反对。许多坚定的共和派将军如卡尔诺、马塞纳和莫罗都曾对这一议案投了反对票。
亚眠和约维持的时间不长。人们很快发现这位法国统治者正千方百计地加强他对整个欧洲大陆的控制。1802年9月,他把皮埃蒙特并入法国,而未履行诺言给撒丁国王以补偿;同时,他又兼并了厄尔巴岛;尤其令英国政府恼火的是他拒绝撤出荷兰。1802年12月,在巴黎,他在接见一个瑞士代表团的谈话中将自己对瑞士中立所持的态度暴露无遗:
就法国而论,象所有与法国毗连的国家一样,瑞士应当是法国的。
结果,在内伊将军率十四营兵力压境的威胁之下,瑞士被迫接收了这一地位。接着,拿破仑又干预瑞士宪法的制订。1803年2月,他以消除瑞士内部各政治派别的不和为借口,颁布了一项&ldo;调停令&rdo;,结果便对该国建立了有效的控制。